Ett viktigt mål för lärarutbildningen vid Stockholms universitet är att utgå ifrån existerande forskning och att särskilt utveckla forskning av relevans för barn- och ungdomsskolans verksamheter. Sedan 2008 satsar Stockholms universitet på matematikämnets, naturvetenskapsämnenas, språkens, de samhällsvetenskapliga och humanistiska ämnenas didaktik. De har alla nu egen forskarutbildning.
Den pedagogiska och allmändidaktiska forskningen har en lång tradition och flera ledande forskare, bl.a. inom pedagogisk filosofi, mångfald, media och komparativa, internationella studier av utbildningssystem. Utbildningen av förskollärare och fritidshemspedagoger bedrivs vid den Barn- och ungdomsvetenskapliga institutionen med flera framstående forskare inom bl.a. språkutveckling, barnkultur och mångfald i skolan. Sedan fem år tillbaka bedriver Specialpedagogiska institutionen forskning om läs- och skrivutveckling, inklusion och demokrati och värderingsfrågor.