Rektor för åren 1883 och 1884 blev professor Eugen Warming. Rektorsgöromålen hade innan det, enligt förordnande, ombesörjts av professor R.Rubenson (1881-1882) och innan det, vald av högskoleföreningens styrelse 1878, professor Hjalmar Holmgren. Stockholms högskola blir Stockholms universitet 1960.

1882-1885 Eugen Warming, professor i botanik
1886 Gösta Mittag-Leffler, professor i ren matematik
1887-1890 Wilhelm Leche, professor i zoologi
1891-1892 Gösta Mittag-Leffler, professor i ren matematik
1893-1896 Otto Petterson, professor i kemi
1897-1902 Svante Arrhenius, professor i fysik
1902-1910 Gerhard De Geer, professor i geologi
1911-1927 Ivar Bendixson, professor i högre matematisk analys
1927-1949 Sven Thunberg, professor i historia
1950-1958 Harald Cramér, professor i försäkringsmatematik/matematisk statistik
1958-1966 Håkan Nial, professor i civilrätt (samt internationell privaträtt)
1966-1974 Dag Norberg, professor i latinska språket och litteraturen
1974-1978 Gunnar Hoppe, professor i geografi, särskilt naturgeografi
1978-1988 Staffan Helmfrid, professor i kulturgeografi med ekonomisk geografi
1988-1994 Inge Jonsson, professor i litteraturvetenskap
1994-2003 Gustaf Lindencrona, professor i finansrätt
2003-2004 Gunnel Engwall, professor i romanska språk, särskilt franska
2004-2013 Kåre Bremer, professor i systematisk botanik
2013-- Astrid Söderbergh Widding, professor i filmvetenskap