Riksdagen beslutar om den högre utbildningen och forskningen i landet efter förslag från regeringen. De statliga universiteten och högskolorna beslutar, inom de ramar regeringen givit, när det gäller studieorganisation, utbildningsutbud, antagning av studenter och fördelning av resurserna till grundutbildningen.

Högskoleförordningen styr vem som kan bli rektor vid ett svenskt lärosäte och vilka befogenheter som följer med anställningen. Rektor är universitetets myndighetschef och dess främsta företrädare. Regeringen anställer rektor för högst sex år efter förslag av lärosätets styrelse. Anställningen får förnyas tre år i taget högst två gånger.

Organisationsschema från augusti 2013. Universitetsförvaltningen innefattar nu även Avdelningen för forskningsservice. Universitetsbiblioteket, Samordningsgruppen för lärarutbildningarna samt Kansliet för strategiska partnerskap sorterar direkt under rektor (övrig verksamhet).