Stockholms universitet är en statlig myndighet och styrs av lagar, förordningar och de beslut som regering och riksdag fattar. Universitetsstyrelsen är universitetets högsta beslutande organ och rektor är universitetets myndighetschef. Prorektor är rektors ställföreträdare, som tjänstgör i rektors ställe när rektor inte är i tjänst. Universitetsledningen består av rektor, prorektor, två vicerektorer och en förvaltningschef.

Utbildning och forskning vid Stockholms universitet är indelat i två vetenskapsområden: det Humanistisk-samhällsvetenskapliga området och det Naturvetenskapliga området. Varje område styrs av en områdesnämnd i vilken vicerektor är ordförande. Områdesnämnden för humaniora, juridik och samhällsvetenskap har tre fakulteter under sig: Humanistisk fakultet, Juridisk fakultet och Samhällsvetenskaplig fakultet, vilka styrs av var sin fakultetsnämnd och leds av dekaner. Områdesnämnden för naturvetenskap är tillika fakultetsnämnd för Naturvetenskapliga fakulteten.

Inom områdenas fakulteter finns ett 60-tal institutioner, centrum och institut som bedriver forskning, utbildning och samverkan med det omgivande samhället. Institutionerna styrs av en institutionsstyrelse och leds av en prefekt.

Universitetsförvaltningen består av 13 avdelningar och leds av förvaltningschefen.