Forskargrupp Samuel Flores' forskargrupp

Vad gör vi när hela världens genom väl har sekvenserats? Jo, fortfarande kvarstår frågan om hur dessa molekyler ser ut när de transkriberats till RNA och i analogi med detta - hur ser de translaterade proteinerna slutligen ut (här har Googles AlphaFold gjort stora framsteg på senare tid). Och slutligen - vad har proteinerna för funktion i cellerna?


Bestämning av effekten av mutationer på protein-protein interaktion-energier

Jag har skrivit ett par artiklar angående prediktion av ändringen som en mutation kan ha på protein-protein-interaktionsenergin (ΔΔG). Jag vill vidareutveckla förmågan att öka affiniteten in silico. På senare tid har jag utvecklat en metod som tar tar följande input:

  1. Protein Data Bank (PDB) ID för ett protein-proteinkokex.
  2. Kedjorna i de två interagerande subenheterna.
  3. En mutation i någon av dessa två kedjor.

Min metod beräkntar inte bara ΔΔG givet den nya strukturen utan letar därefter i PDB-databasen efter ytterliggare, tillräckligt liknande strukturer som beräkningen kan upprepas på. Därefter tas medelvärdet mellan dessa beränkningar och förbättrar på så sätt precisionen och det predicerande prestationen – och tar fram de mutationen som enligt denna metod prediceras som mutationer som kan öka bindningsaffiniteten. Testa detta själv genom att använda vår server: http://biodesign.scilifelab.se/.

Nuvarande masterstudenter (Våren 2022):

Kaouther Harbi

Floyd Jaggy

Emilio Skarwan

Forskargruppen har inga gruppmedlemmar.

Det finns inga kopplade forskningsprojekt.

Inga nyheter tillgängliga.
Inga evenemang tillgängliga.

Vi använder kakor

Genom att tillåta tjänster från tredje part accepterar du deras cookies och användningen av spårningsteknologier som är nödvändiga för att de ska fungera korrekt.