Studier av artinteraktioner sträcker sig till hela födovävar, hur dessa är organiserade och påverkas av olika omvärldsfaktorer, och ekosystem.
Ekosystem och dess organismer påverkas av såväl naturliga som antropogena processer; klimat, övergödning, miljögifter, fragmentering, jakt och fiske. Ett stort antal forskningsprojekt förutom de som är listade här under ”Ekosystemekologi” finns under andra forskningsområden; till exempel klimatforskning, miljövetenskap och havsforskning.