Fysikum leds av en prefekt och styrs av en institutionsstyrelse kallad Fysikums styrelse (FS). Vilket organ som har beslutanderätt i olika ärenden regleras genom delegation från rektor, områdesnämnd och i Fysikums delegationsordning.

Styrelsen har inrättat flera kommittéer som bereder ärenden inom olika områden. Vid Fysikum finns även ett antal programråd. Vid sammanträden med styrelsen, kommittéerna och programråden skrivs protokoll.

Använd gärna Fysikums protokollmall som finns tillgänglig på Fysikums gemensamma lagringsyta. Protokollet justeras av ordföranden och minst en justeringsperson. E-signaturtjänsten eduSign ska användas för digital signering.
Svenska är huvudspråk vid universitetet i formella beslutssammanhang. Mer information finns i universitetets Språkpolicy beslutad av rektor 2021-03-25.