Humanvetenskapliga området

Humanistisk fakultet

Centrum för evolutionär kulturforskning (CEK)
Centrum för krigs- och fredsetik (SCEWP)
Centrum för logik, språkfilosofi och medvetandefilosofi (CLLAM)
Centrum för maritima studier (CeMaS)
Centrum för medeltidsstudier
Centrum för tvåspråkighetsforskning
Institutet för Turkietstudier
Latinamerikainstitutet
Nationellt centrum för svenska som andraspråk
Stockholm University Brain Imaging Centre (SUBIC)
Tolk- och översättarinstitutet

Juridisk fakultet

Centrum för kommersiell rätt i Stockholm (SCCL)
Institutet för europeisk rätt
Institutet för immaterialrätt och marknadsrätt (IFIM)
Institutet för rättsinformatik (IRI)
Institutet för social civilrätt
Stockholms barnrättscentrum
Stockholm Centre for International Law and Justice (SCILJ)
Stockholms miljörättscentrum

Samhällsvetenskaplig fakultet

Centre for Social Research on Alcohol and Drugs (SoRAD)
Centre Health Equity Studies (CHESS)​
Centrum för barnkulturforskning
eGovlab
Spider Center

Naturvetenskapliga området

Askölaboratoriet, marin fältstation
Baltic Nest Institute
Bolincentret för klimatforskning
Institutet för solfysik
Internationella Meteorologiska Institutet i Stockholm (IMI)
Kemilärarnas resurscentrum (KRC)
Navarino Environmental Observatory, fältstation för klimat och miljö
Stockholms centrum för strålskyddsforskning (CRPR)
Stockholms universitets Oskar Klein-centrum för kosmopartikelfysik (OKC) 
SciLifeLab
Stockholms matematikcentrum
Stockholms universitets astrobiologicentrum
Tarfala forskningsstation
Tovetorps forskningsstation