Sakkunniggranskning är grundprincipen för universitetets kvalitetssäkring av forskning. Årligen kvalitetsgranskas tusentals forskningsansökningar och vetenskapliga publikationer från Stockholms universitet av det internationella forskarsamhället. Vid behov genomför universitetet egna utvärderingar av forskarmiljöer eller ämnesområden. 

Universitetet strävar efter att anställa de mest kvalificerade individerna som under stabila förhållanden ges goda förutsättningar för forskning av högsta kvalitet. Därför görs rekryteringar av lärare genom öppna utlysningar och en granskningsprocess med externa experter.

Kvalitetssäkringen och kvalitetsutvecklingen har sin grund i ett systematiskt och kollegialt arbete. Detta i kombination med samverkan mellan olika nivåer – institution, fakultet och universitetsledning, med en god kunskap om verksamheten – gör att problem åtgärdas och möjligheter fångas upp.  

Flera ytterligare processer och funktioner inom Stockholms universitet har stor bäring på forskningens kvalitetssäkring. Här kan nämnas universitetets jämställdhetsarbete, samverkansinsatser, Stockholms universitetsbibliotek, Avdelningen för forsknings- och samverkansstöd och rutiner för att upptäcka och hantera eventuell oredlighet i forskning.

Ett utvecklingsarbete pågår för närvarande i syfte att komplettera de sedan tidigare befintliga komponenterna i kvalitetssäkringssystemet för forskning. I detta arbete ingår att utveckla och systematisera den interna kvalitetsdialogen, universitetets centrala process för verksamhetens kvalitetssäkring och utveckling. För att underlätta denna dialog, inom institutionerna och mellan universitetets beslutsnivåer, är ett indikatorbaserat diskussionsunderlag under utveckling. Indikatorrapporterna blir en del av en återkommande och systematisk verksamhetsuppföljning av forskningen som ska bidra till att säkerställa att universitetets forskning utvecklas i önskad riktning.