Prorektor är rektors ställföreträdare, som tjänstgör i rektors ställe när rektor inte är i tjänst. Universitetsledningen består av rektor, prorektor, tre vicerektorer, universitetsdirektör och biträdande universitetsdirektör.
Utbildning och forskning vid Stockholms universitet är indelad i två vetenskapsområden: det Humanvetenskapliga området och det Naturvetenskapliga området. Varje område styrs av en områdesnämnd i vilken vicerektor är ordförande. Områdesnämnden för humanvetenskap har tre fakulteter under sig: Humanistisk fakultet, Juridisk fakultet och Samhällsvetenskaplig fakultet, vilka styrs av var sin fakultetsnämnd som leds av en dekan. Områdesnämnden för naturvetenskap är tillika fakultetsnämnd för Naturvetenskapliga fakulteten.
Inom områdenas fakulteter finns 53 institutioner och institut som bedriver forskning, utbildning och samverkan med det omgivande samhället. Institutionerna styrs av en institutionsstyrelse och leds av en prefekt.
Universitetsförvaltningen består av 11 avdelningar och leds av universitetsdirektören.