Stockholms universitet är en statlig myndighet och styrs av lagar, förordningar och de beslut som regering och riksdag fattar. Universitetsstyrelsen är universitetets högsta beslutande organ och rektor är universitetets myndighetschef.
Humanvetenskapliga området och Naturvetenskapliga området inkluderande fyra fakulteter och 56 institutioner och centra, samt universitetsförvaltningen bestående av 11 avdelningar.
