Det humanvetenskapliga området är fakultetsövergripande och inkluderar tre fakulteter; Humanistiska fakulteten, Juridiska fakulteten och Samhällsvetenskapliga fakulteten.
Naturvetenskapliga fakulteten vid Stockholms universitet består av fyra sektioner med sammanlagt 15 institutioner och fem centra/institut. Fakulteten har också verksamhet på fyra fältstationer fördelade över landet.