Institutionen för arkeologi och antikens kultur består av fem enheter med huvudinriktningarna: antikens kultur och samhällsliv, arkeologi, numismatik, laborativ arkeologi och osteoarkeologi. Förlagt till institutionen är även forskarskolan för kulturhistoriska studier och centrum för evolutionär kulturforskning.

Ett 70-tal är anställda vid institutionen som professorer, forskare, lektorer, forskarstuderande och administratörer (student- och personalfrågor samt IT-relaterade frågor).

Studier kan bedrivas i de olika inriktningarna på grund- och avancerad nivå samt som forskarutbildning. Kurser på grund- och avancerad nivå kan studeras som fristående kurser men även inom ramen för institutionens kandidat och masterprogram.

Vid institutionen ges flera program på grund- och avancerad nivå. Kandidatprogrammet i arkeologi där huvudämnet är antingen arkeologi eller antikens kultur och samhällsliv samt Kandidatprogrammet i klassiska studier där huvudämnena är antikens kultur och samhällsliv, antik grekiska eller latin. Masterprogrammet i arkeologi läses, precis som kandidatprogrammet i arkeologi, med inriktning mot de olika ämnena som institutionen erbjuder.

Från 2012 ges forskarutbildningen i ämnet arkeologi med inriktning mot någon av de fem inriktningarna som institutionen erbjuder.

En mycket viktig del av verksamhet är forskningen, vilken antingen är internt eller externt finansierad. Institutionen för arkeologi och antikens kultur är utsedd till ledande forskningsområde och är därmed ett så kallat profilområde vid Stockholms universitet.