Lokalerna på AlbaNova är numrerade enligt tre parallella system.
Lokaler som används i undervisningen har beteckningar som FX#N, där X är en bokstav som anger i vilket hus lokalen ligger - A, B, C och D för respektive huskropp i huvudbyggnaden, R för rotundan i huvudbyggnaden, M för lokaler i hus 2 och P för lokaler i hus 1. # är en siffra som anger på vilket våningsplan lokalen ligger och N är en siffra som är unik för varje lokal. Så t.ex. ligger sal FB52 på plan 5 i hus B i huvudbyggnaden.
Andra lokaler i huvudbyggnaden har beteckningar X#:nnnn, där X är antingen A, B, C eller D och anger i vilken huskropp lokalen ligger. # är en siffra som anger våningsplanet och nnnn är ett fyrsiffrigt rumsnummer. Så ligger t.ex. rum A4:1029 på plan 4 i hus A i huvudbyggnaden.
Andra lokaler i de övriga husen har beteckningen ##N:nnn, där ## är numret på huset, N anger våningsplan och nnn är ett unikt rumsnummer. Så ligger t.ex. sal 023:0018 på plan tre i hus två.

AlbaNovas campusområde domineras av den nybyggda huvudbyggnaden, men Fysikum använder också lokaler i några av de mindre husen på campusområdet.
Föreläsningssalar och undervisningslokaler
- Oskar Kleins auditorium - FR4, den största föreläsningssalen, finns i rotundan i huvudbyggnaden.
- The Svedbergsalen - FD5, den näst största föreläsningssalen, finns i huskropp D i huvudbyggnaden.
- Föreläsningssalar i huvudbyggnaden och hus 1
Seminarierum
Hector Rubinsteins seminarierum FA31 och FA32 i huvudbyggnaden.
Labhuset - hus 1
Innehåller salar som används vid laborationer, men också en föreläsningssal - FP41 - och studenternas lunch- och uppehållsrum.
Vetenskapens Hus - hus 2
I hus 2 finns Vetenskapens Hus, som bedriver verksamhet för skolungdomar och för allmänheten. Här finns också salar som används av Fysikum för undervisning.