De flesta disputationer börjar 10.00. Innan dess brukar de inblandade ses på MISU, för att sedan gå till disputationslokalen.

Disputationen börjar med att ordföranden presenterar de medverkande. Därefter ger respondent och opponent varsitt kortare föredrag; den förre för att presentera avhandlingen och den senare för att placera avhandlingen i ett bredare sammanhang. Dessa presentationer bör inte vara längre än 15 minuter vardera. Därefter vidtar oppositionen. Formellt har opponenten ingen tidsbegränsning men det är bra om disputationsakten kan avslutas efter omkring 2 timmar eller möjligen något senare; då ska också betygsnämnd och auditorium ha haft möjlighet att ställa frågor. Ordföranden bör diskutera detta med opponenten i förväg, och ifall opponenten i förväg aviserar att denne vill opponera längre, måste en rast läggas in efter c:a två timmar.

Efter disputationen går samtliga tillbaka till MISU, där betygskommittén överlägger och MISU arrangerar en mottagning i pentryt. Disputationsansvarig administratör ordnar mottagningen och bokar lunch till 12.30 för opponent, betygsnämnd, ordförande, handledare och doktorand. Doktorandens partner är också välkommen att delta.

Om opponenten är en långväga gäst och anländer i förväg kan den huvudsakliga handledaren om denne vill även som representation bjuda opponenten på middag kvällen före disputationen.