Erik LindahlProfessor i teoretisk kemi
Om mig
Professor i biofysik vid institutionen för biokemi och biofysik, men större delen av vår forskargrupp sitter fysiskt på Science for Life Laboratory som är en gemensam forskningsmiljö för SU, KTH, och KI.
Förutom undervisning och forskning tillsammans med min grupp så är vi engagerad i ett antal vetenskapliga miljöer, och brinner speciellt för mobilitet och samarbeten mellan de tre Stockholmsuniversiteten. Jag lägger en hel del av min tid som vice förestådare för det strategiska forskningsområdet SeRC (Swedish e-Science Research Center) som är gemensamt för SU-KTH-KI-LiU, jag sitter i styrgruppen för det KAW-finansierade nationella programmet inom Datadriven livsvetenskap vid SciLifeLab, och är programansvarig för Stockholms universitets del av ett nytt gemensamt KTH-SU-KI masterprogram inom molekylära tekniker för livsvetenskaperna. I samarbete med Uppsala universitet har vi också skapat en svensk nod inom CECAM, via vilket jag också är sitter i CECAM council. Jag är även vice sektionsdekanus för kemi med speciellt ansvar för våra gemensamma kurser inom forskarutbildningen. Ett av mina starkaste intressen är hur vi skapar starka vetenskapliga miljöer genom internationalisering, diversitet, öppna data och inte minst att våra lärosäten och centrum ska bli bättre på att drivas av tydliga visioner inom vetenskap och undervisning - skriv gärna en rad om du har tankar att dela med dig av!
Vår forskning är fokuserad på att förstå struktur och funktion hos ligandstyrda jonkanaler, speciellt i det mänskliga nervsystemet. Mycket av vår verksamhet är beroende av stora datorresurser, och vi är mycket aktiva inom utveckling av beräkningsverktyg för livsvetenskaper - speciellt programmen GROMACS & RELION. Tillsammans med ett antal universitet i Europa har vi skapat ett EU-finansierat excellenscentrum för beräkningsbaserad biomolekylär forskning - BioExcel - där jag är huvudansvarig forskare. Jag har sedan 2014 suttit i den vetenskapliga styrgruppen för den europeiska datorinfrastrukturen PRACE, jag är tidigare ordförande för det vetenskapliga rådet och har suttit i styrelsen för PRACE. För närvarande är jag ledamot i Research and Industrial Advisory Group (RIAG) för EuroHPC. Hör gärna av dig om du har tankar eller idéer om hur vi kan förbättra datorinfrastrukturen både i Sverige och internationellt för att se till att de styrs av forskarnas behov istället för tvärt om.
Undervisning
Om du är intresserad av att förstå grundläggande biofysik hos biologiska makromolekyler som proteiner, DNA, och membran, och speciellt hur modeller, statistisk mekanik och simuleringar kan användas för att forska på dem, så ger jag en kurs inom Molekylär biofysik. Föreläsningarna är numera inspelade i hög kvalitet (4k50fps) tillsammans med en lightboard-utrustning, de är uppdelade i korta koncept på några minuter, och finns tillgängliga som spellista på YouTube.
Jag är också programansvarig för Stockholms universitets del av masterprogrammet inom molekylära tekniker inom livsvetenskaperna som ordnas gemensamt av SU, KTH och KI. Du lär stöta på mig under registreringen, uppföljningar, och inte minst examensarbetet.
Till sist är jag som vicedekanus ansvarig för att organisera kurser inom forskarutbildningen på kemisektionen; hör gärna av dig om du har kommentarer eller önskemål.
Forskning
Vår forskning är fokuserad på att hur fönster och dörrar i våra celler i form av membranproteiner fungerar, och speciellt de jonkanaler och pumpar som transporeterar joner för att vårt nervsystem ska fungera. Vi använder ett antal olika experimentella och beräkningsbaserade tekniker: Bioinformatik för att bygga modeller av mänskliga receptorer och kanaler baserat på strukturer av bakteriella proteiner, datorsimuleringar för att förstå hur molekylära växelverkningar i komplexa system fungerar, och experimentella metoder som elektrofysiologi och spektroskopi för att mäta funktioner hos kanaler och se hur de påverkas av förändringar i membran eller småmolekyler som kan utvecklas till läkemedel. Vi har till exempel lyckats använda molekylära modeller för att bestämma hur spänningsstyrda jonkanaler rör sig mellan olika tillstånd när de öppnas (Henrion 2012, Lindahl 2012). På liknande sätt har vi studerat de ligandstyrda kanaler som är ansvariga för att förmedla signaler över den synaptiska klyftan mellan nervceller, och vi har lyckats visa att det finns separata bindingsställen för molekyler som antingen potentierar (förstärker) eller inhiberar (försvagar) nervsignalerna (Murail 2012). Vi kan till och med helt förändra egenskaperna hos kanalerna genom att introducera en enda mutation som tvingar molekyler att binda i ett annat allosteriskt bindingsställe, vilket öppnar spännande möjligheter för att designa nya par av läkemedel som skulle kunna användas för att kontrollera nervsystemet på en extremt fin skala (Brömstrup 2013). Vi använder även både simuleringar och experiment för att förstå hur ATPaser (pumpar) transporterar joner, där vi tagit fram de första strukturerna av pumpar med bundna joner (Nyblom 2013).
Flera personer inom forskargruppen arbetar med att utveckla metodologi för molekylära simuleringar, speciellt den brett använda programpaketet GROMACS där vi leder utvecklingen med hjälp att ett flertal grupper över hela världen (Pronk 2013, Abraham 2015).
Sedan början av 2016 är vi engagerade i att bygga den nya nationella infrastrukturen och forskningsplattformen runt kryo-elektronmikroskopi på Stockholms universitet. Strukturbestämning med Kryo-EM bygger på att ta tiotusentals till miljontals extremt brusiga bilder av enstaka molekyler, och vårt arbete är fokuserat på att ta fram nya bättre och snabbare metoder för att rekonstruera tredimensionella elektrontätheter från brusiga bilddata, speciellt för programmet RELION (Kimanius 2016, Forsberg 2017).
Forskningsfinansiering
Vetenskapsrådet, Europeiska forskningsrådet, Knut & Alice Wallenbergs stiftelse, Strategiska forskningsområdet e-vetenskap, Science for Life Laboratory, Stiftelsen för strategisk forskning, Horizon-2020/EINFRA, National Institute of Health, Carl Tryggers Stiftelse, Magnus Bergvalls stiftelse, STINT, Datorresurser via SNIC, och kryo-EM tid via den SU-ledda faciliteten på SciLifeLab finansierat av KAW & Erling Perssons stiftelse.
Forskningsgrupp:
Chen Fan, Forskare
Rebecca Howard, Forskare
Stefan Fleischmann, Systemadministratör
Olivia Andén, Forskarstuderande
Stephanie Heusser, Forskarstuderande
Marie Lycksell, Forskarstuderande
Urska Rovsnik, Forskarstuderande
Yuxuan Zhuang, Forskarstuderande
Mark Abraham, Forskare
Magnus Andersson, Forskare
Szilard Pall, Forskare
Paul Bauer, Forskare
Joseph Jordan, Postdoc
John Cowgill, Postdoc
Vill du arbeta med oss?
För forskarstudier så ingår alla tjänster som finansieras av gruppen i institutionens utlysningar. Förutom det finns det ibland ett fåtal stiftelser (t.ex. Lawski) som ibland erbjuder direkt finansiering för forskarstudier. I båda fall så räknar vi med att en framgångsrik kandidat har mycket starka akademiska meriter, och tidigare erfarenhet antingen av att jobba med oss eller mycket starka rekommendationer från någon annan grupp.
På postdoktoral nivå så är den normala gången att kandidater säkrat sin egen finansiering t.ex. från EUs Marie-Curie-program, eller svenska stiftelser som Carl Trygger. För postdoktorer kräver vi att du har omfattande erfarenhet av några av de metoder vi använder i forskningen, samt mycket starka akademiska meriter med flera artiklar som förstaförfattare.
Om du tycker det här passar in på dig, tveka inte att skriva en rad till oss!
