Zoé PochonDoktorand
Om mig
Välkommen till min sida!
Jag är doktorand i antik metagenomik, med ett särskilt intresse för antika patogener. Jag är en del av Institutionen för arkeologi och antikens kultur och arbetar vid Centrum för paleogenetik. Med en bakgrund inom biologi och historia drivs jag av en nyfikenhet på människans historia och hur vi kan använda antikt DNA för att ge nya ledtrådar till dess förståelse.
Huvudmålet med min doktorandavhandling är att upptäcka förekomsten av patogener i antika mänskliga kvarlevor och autentisera dem som verkligen närvarande och antika. Det första kapitlet i min avhandling fokuserar på en pipeline som vi utvecklade tillsammans med NBIS-bioinformatiker, kallad aMeta. Det andra kapitlet ger en översikt över infektionssjukdomar som cirkulerade i det medeltida samhället i Las Gobas i norra Spanien. De tre återstående kapitlen kommer att undersöka infektionssjukdomar som cirkulerade på två platser i dagens Sverige från järnåldern och vikingatiden, samt de som hittades ombord på örlogsfartyg från tidigmodern tid.
Vad gäller min bakgrund har jag en kandidatexamen i biologi med en biämne i historia (antiken och modern tid) och en masterexamen i evolutionär och populationsgenetik med en biämne i historia (specialisering på antiken). Både min kandidatuppsats och min masteruppsats genomfördes i Wegmann-labbet vid Fribourgs universitet, där jag fokuserade på antikt DNA från bronsålderns slagfält (nu erkänt som en massaker) i Tollense-dalen i nordöstra Tyskland. Vi uppskattade särskilt en stark selektionskoefficient för laktas-persistens-allelen från bronsåldern och framåt.
Jag brinner för arkeogenetik eftersom jag tror att det ger nya insikter i historiska och arkeologiska frågor. Jag flyttade från Schweiz till Sverige för att få möjligheten att arbeta inom detta fält.
Jag är också en aktiv medlem i SPAAM-gemenskapen och hade möjligheten att samordna SPAAM5 i Tartu 2023.
Publikationer
I urval från Stockholms universitets publikationsdatabas
-
aMeta: an accurate and memory-efficient ancient metagenomic profiling workflow
2023. Zoé Pochon (et al.). Genome Biology 24 (1)
ArtikelLäs mer om aMetaAnalysis of microbial data from archaeological samples is a growing field with great potential for understanding ancient environments, lifestyles, and diseases. However, high error rates have been a challenge in ancient metagenomics, and the availability of computational frameworks that meet the demands of the field is limited. Here, we propose aMeta, an accurate metagenomic profiling workflow for ancient DNA designed to minimize the amount of false discoveries and computer memory requirements. Using simulated data, we benchmark aMeta against a current state-of-the-art workflow and demonstrate its superiority in microbial detection and authentication, as well as substantially lower usage of computer memory.
-
Historical RNA expression profiles from the extinct Tasmanian tiger
2023. Emilio Mármol-Sánchez (et al.). Genome Research 33 (8), 1299-1316
ArtikelLäs mer om Historical RNA expression profiles from the extinct Tasmanian tigerPaleogenomics continues to yield valuable insights into the evolution, population dynamics, and ecology of our ancestors and other extinct species. However, DNA sequencing cannot reveal tissue-specific gene expression, cellular identity, or gene regulation, which are only attainable at the transcriptional level. Pioneering studies have shown that useful RNA can be extracted from ancient specimens preserved in permafrost and historical skins from extant canids, but no attempts have been made so far on extinct species. We extract, sequence, and analyze historical RNA from muscle and skin tissue of a ∼130-year-old Tasmanian tiger (Thylacinus cynocephalus) preserved in desiccation at room temperature in a museum collection. The transcriptional profiles closely resemble those of extant species, revealing specific anatomical features such as slow muscle fibers or blood infiltration. Metatranscriptomic analysis, RNA damage, tissue-specific RNA profiles, and expression hotspots genome-wide further confirm the thylacine origin of the sequences. RNA sequences are used to improve protein-coding and noncoding annotations, evidencing missing exonic loci and the location of ribosomal RNA genes while increasing the number of annotated thylacine microRNAs from 62 to 325. We discover a thylacine-specific microRNA isoform that could not have been confirmed without RNA evidence. Finally, we detect traces of RNA viruses, suggesting the possibility of profiling viral evolution. Our results represent the first successful attempt to obtain transcriptional profiles from an extinct animal species, providing thought-to-be-lost information on gene expression dynamics. These findings hold promising implications for the study of RNA molecules across the vast collections of natural history museums and from well-preserved permafrost remains.
-
Unveiling Hunnic legacy: Decoding elite presence in Poland through a unique child’s burial with modified cranium
2024. Jakub M. Niebylski (et al.). Journal of Archaeological Science 56
ArtikelLäs mer om Unveiling Hunnic legacyThis article presents a double burial from Czulice indicating elements of the Hunnic culture. Individual I, aged 7–9, and Individual II, aged 8–9 with a skull deformation, were both genetically identified as boys. Individual II, who exhibited genetic affinity to present day Asian populations, was equipped with gold and silver items. In contrast, Individual I displayed European ancestry. The application of strontium isotope analysis shed light on the origins of the individuals. Individual I was non-local, while Individual II was identified as a local, but also falling within the range commonly associated with the Pannonian Plain. Stable isotope analysis suggested a diet consisting of inland resources. Through radiocarbon dating, this burial was determined to date back to the years 395–418 CE, making it the earliest grave of its kind discovered in Poland. The analyses have provided new insights into the nature of the relationship between the Huns and the local inhabitants.
Visa alla publikationer av Zoé Pochon vid Stockholms universitet