Ekologisk forskning studerar arters utbredning och abundans i tid och rum, samt samspelet mellan organismer och med deras miljö. Institutionens forskning inom ekologi är bred såväl i valet av organismgrupp, från mikroorganismer till däggdjur och träd, som i frågeställning. Grovt kan man dela in ekologisk forskning i olika organisationsnivåer; populationer, samhällen och ekosystem.
En viktig forskningsinriktning inom institutionens populationsekologiska forskning är artinteraktioner; som mellan växter och insekter eller mellan fisk och deras byten. Forskningen berör dels de mekanismer som påverkar styrkan av interaktionen, som hur konsumenten lokaliserar sina resurser eller hur bytet (djur eller växt) försvarar sig mot angrepp, men även konsekvenserna för arters utbredning eller evolution. Forskning inom populationsekologi rör också hotade arter; varför är dessa arter hotade och vilka åtgärder kan vara effektiva förvaltningsåtgärder för att minska hoten.
Studiet av artinteraktioner sträcker sig till hela födovävar, hur dessa är organiserade och påverkas av olika omvärldsfaktorer, och ekosystem. Ekosystem och dess organismer påverkas av såväl naturliga som antropogena processer; klimat, övergödning, miljögifter, fragmentering, jakt och fiske. Ett stort antal projekt som studerar dessa processer, förutom de som är listade nedan, finns beskrivna under rubrikerna klimateffekter, miljö och havet.
Forskningsområden med kontaktpersoner
Populationsekologi
Effekter av miljö och klimat på växters populationsdynamik (Johan Ehrlén)
Ekologiska och evolutionära effekter av växt-djur interaktioner (Johan Ehrlén)
Evolutionär ekologi: rekryteringsstrategier hos växter med extremt små frön (Ove Eriksson)
Mossor spridningsbiologi (Kristoffer Hylander)
Värd-parasitoid system; immunologi, sökbeteenden, ekologi och evolution (Peter Hambäck)
Insekters responser till rumslig heterogenitet (Peter Hambäck)
Samhällsekologi
Historisk landskapsekologi (Ove Eriksson)
Strandekologi, hur marina processer påverkar strandekosystemet (Peter Hambäck)
Biodiversitet och ekosystemtjänster i tropiska mosaiklandskap (Kristoffer Hylander)
Brandekologi, interaktioner mellan bete och brand, speciellt i naturbetesmarker i Afrika (Maria Johansson)
Växtbaserade födovävars ekologi och evolution, med fokus på den rumsliga dynamiken hos växter, insekter och mikrober (Ayco Tack)
Ekosystemekologi
Funktion och dynamik i Östersjöns ekosystem, fisk deras bytesdjur och predatorer, miljöeffekter av övergödning och fiske (Sture Hansson)
Ekosystembaserad förvaltning av Östersjöns miljö. Eutrofiering, cyanobakterieblomningar och bottenfauna
(Ragnar Elmgren)
Kvävets kretslopp i öppet hav. Aktivitet, fördelning, mångfald och interaktioner mellan kvävefixande cyanobakterier och omgivande miljön och / eller deras respektive värdar (Rachel Foster)