Musikteori är den äldsta kända formen av musikforskning, med tidiga ansatser under antiken. Ursprungligen låg fokus på identifikation och beskrivningar av musikaliska system i termer av talförhållanden. Idag avser musikteori utöver musikens system även dess praktik och hur den upplevs. Historisk forskning om musikteori är en angränsande verksamhet.
Musikanalys uppträder från 1600-talet i musikens poetik, och från runt 1800 i offentlig musikkritik. Idag bedrivs även akademisk musikanalys.
Musikteori är den äldsta kända formen av musikforskning, med tidiga ansatser i antikens Grekland och samtidigt i Kina. En aspekt av dessa teorier, identifikation och beskrivningar av musikaliska system i termer av talförhållanden, är fortfarande en del av musikteorin. Men teoribegreppet har senare successivt utvidgats till att omfatta aspekter av musikalisk praktik och av musikalisk upplevelse. Poetik, estetik, psykologi, strukturalistisk språkvetenskap och olika former av matematik utgör alla möjliga hjälpdiscipliner för musikteori, liksom positivism och fenomenologi utgör möjliga filosofiska ramverk. I en utvidgad mening omfattar musikteori även intermedialitetsteori som inbegriper musik.
Musikanalysen är yngre än musikteorin och hade sin historiska förutsättning i föreställningar om en musikalisk process som något som formar ett slutet verk. Musikanalys i denna mening uppkommer i musikens poetik under 1600-talet och kompletteras senare av musikanalys i musikkritik.
Utöver forskning i musikteori, som i USA utgör en egen akademisk disciplin, förekommer historisk och kritisk forskning om musikteori. Musikanalys förekommer i akademisk musikkritik inspirerad av litteraturvetenskapens motsvarande verksamhet,
Vid Stockholms universitet bedrivs både forskning i och forskning om musikteori. Musikteori och musikanalys med intermedialt fokus har en stark ställning som avser opera, filmmusik och spelmusik.