Stockholms universitets Östersjöcentrum inrättades 1 januari 2013, och är en sammanslagning av det internationella samarbetet Baltic Nest Institute, BNI, och före detta Stockholms universitets marina forskningscentrum (SMF) med Askölaboratoriet.

I februari 2013 ingick Östersjöcentrum ett strategiskt partnerskap med stiftelsen BalticSea2020 för att skapa det fleråriga projektet Baltic Eye. Det innebar att forskare, kommunikatörer och omvärldsanalytiker rekryterades för att gemensamt arbeta för mer och bättre åtgärder inom Östersjöns stora miljöutmaningar. Dessutom ingick fram till 2015 administrering av det strategiska forskningsprogrammet Baltic Ecosystem Adaptive Management, BEAM. 

Det beslutades att Baltic Nest Institute, BNI, skulle finnas kvar som en identifierbar enhet och behålla sin internationella styrelse. 

Stockholms universitets marina forskningscentrum lades i och med universitetsstyrelsens beslut ned, men verksamheten, inklusive Askölaboratoriet, fortsätter inom nya Östersjöcentrum.

Idag är projektet Baltic Eye avslutat, men det arbetssätt som vuxit fram lever kvar inom organisationen och genomsyrar hela vårt arbete med forskning, kommunikation och omvärldsanalys. Baltic Eye är också bevarat i form av det webbmagasin där vi samlar samhällsrelevanta nyheter om Östersjöforskning och relevanta politiska processer.

SMF var den organisation som hanterade fakultetens infrastrukturresurser för marin forskning; fältstationen Askölaboratoriet och diverse båtar och mätinstrument. Från SMF finns också ett mångårigt samarbete om kommunikation, framför allt med Umeå Marina Forskningscentrum, och ett flertal kanaler och produkter har skapats inom detta samarbete, såsom webbportalen havet.nu och tidskriften Havsutsikt. Dessa och andra produkter ska till en bred målgrupp öka kunskapen och intresset om havet och marin forskning. Från SMF finns också ett arbete med regional miljöanalys, särskilt om Svealandskustens skärgårdsmiljö, där det ofta är data från miljöövervakning som analyseras för en bättre förståelse för havets tillstånd och utveckling.

BNI arbetar med ett beslutsstödssystem för åtgärdsarbete med Östersjöns övergödning. Det är sammankopplade numeriska modeller och databaser, som tagits fram inom ett större forskningsprojekt, som omfattar även avrinningsområdet och atmosfären. Modelleringsverktyget har använts för att räkna fram de utsläppsminskningar som Östersjöländerna måste göra för att uppnå överenskomna miljömål. Detta sammanfattas i Baltic Sea Action Plan som har signerats av alla länders ministrar 2013. Havs- och vattenmyndigheten finansierar årligen BNI så att modelleringsverktyget ska kunna fortsätta utvecklas i takt med att ny kunskap kommer till. BNI är en egen enhet inom ÖC och dess forskare deltar i ett flertal nationella och internationella forskningsprojekt om Östersjöns miljöproblem och konsekvenser av olika handlingsalternativ.